西元2176年，距离地球二十光年远的海蛇座β星发生超新星爆炸，产生的电磁风暴对地球造成重大的伤害，残餘的人们团结起来重建地球，但也观测到180年后会有第二波的衝击，便合作拟定应付对策。后来在太阳系各处设置了称为「fundation」的宇宙基地训练大批宇宙飞行员，而主角年仅15岁的少女片瀨志麻便是为了成为宇宙飞行员而来到了名为「stellvia(註)」的fundation……